日本政府高层在御前会议上秘密通过了“SIMPLE PLAN”，旨在清除所有SPEC持有者。然而，参与这项计划的核心成员却在一次游艇聚会中离奇死亡，尸体全部呈现木乃伊化状态，死状诡异。警视厅公安部特殊任务科的当麻绫子与濑文焚流奉命调查此案。他们发现，这起连环死亡事件与传说中的法蒂玛第三预言有着千丝万缕的联系。随着调查深入，一个名为“天”的神秘组织逐渐浮出水面，其首领似乎拥有操控时间与空间的强大SPEC能力。与此同时，法蒂玛第三预言中关于“世界末日”的警示也开始应验，东京各地接连出现异常天象和超自然现象。当麻与濑文必须在预言彻底实现前，找到阻止灾难的方法，而他们面对的敌人，竟是来自未来的自己。在这场关乎人类命运的终极对决中，两人不仅要对抗强大的SPEC敌人，还要直面关于友情、牺牲与选择的艰难考验。当真相大白之时，他们发现所谓的“天”，其实是一个为了拯救世界而不得不毁灭现在的悲壮计划。