在《X档案》第二季中，FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼饰）与达娜·斯嘉丽（吉莲·安德森饰）继续负责调查局内被称为“X档案”的悬案奇案。本季延续第一季的剧情脉络，二人面对诸多离奇事件，包括外星生物绑架、政府掩盖的真相以及各种超自然现象。穆德坚信外星生命的存在，而斯嘉丽则以科学态度寻求理性解释，两人在合作中逐渐形成默契与信任。本季引入关键线人“深喉”，为穆德提供涉及政府阴谋的机密信息，推动主线剧情发展。同时，剧集通过单元案件探讨了变异、灵异、基因工程等主题，如“The Host”中的变异寄生虫、“Duane Barry”涉及的绑架案等。第二季也进一步深化了主要反派“烟瘾杀手”的威胁，他们为掩盖真相不惜一切手段。穆德与斯嘉丽在调查中屡次陷入险境，但始终坚持追寻真相。本季在保持悬疑惊悚风格的同时，加强了角色之间的情感联结，为后续剧情的展开奠定了坚实基础。