公元2199年，地球遭到来自神秘行星加米拉斯的游星炸弹攻击，地表被放射能污染，人类文明濒临崩溃，幸存者只能蜷缩于地下城市。地球防卫军最后的宇宙舰队在冥王星防线被彻底摧毁，希望似乎完全破灭。此时，一艘来自14.8万光年外伊斯坎达尔星的飞船抵达冥王星废墟，带来了名为“波动引擎”的超级科技以及一个关乎地球存亡的信息：伊斯坎达尔星拥有能净化地球放射能的装置“科斯莫清洁器”。人类利用外星科技，将沉没于海底的旧日本战舰“大和号”改造为宇宙战舰。以年轻舰长古代进为核心，一群怀揣信念的船员们集结于此。他们必须穿越重重险阻的星际空间，在一年内抵达伊斯坎达尔星取得拯救装置，而强大的加米拉斯帝国舰队将成为他们征途上最大的阻碍。这是一场为人类未来而战的、横跨银河的生死冒险。