《萌菌物语》改编自石川雅之的同名漫画，讲述了一位能够肉眼看见细菌和病毒的特殊少年——泽木惣右卫门直保的校园生活。直保与青梅竹马结城萤一同考入东京某农业大学，原本期待普通的大学生活，却因自己独特的能力而卷入一连串意想不到的事件。在农业大学里，直保结识了一群个性鲜明的同学和教授，他们共同面对各种与微生物相关的课题与挑战。从酿造、发酵到病菌防治，直保利用自己的能力帮助大家解决难题，同时也闹出不少笑话。剧中通过生动有趣的方式，向观众介绍了大量微生物知识，将原本枯燥的科学内容变得趣味盎然。该剧以轻快的节奏和幽默的风格，展现了农业大学里充满活力又略带荒诞的日常。直保与伙伴们在欢笑与碰撞中不断成长，而他对微生物世界的独特视角，也让观众得以一窥肉眼看不见的微观世界的奇妙与魅力。